トップページ以外でSEO対策してもいいですか？下層ページで対策してもいいですか？

もちろんです。検索エンジンはトップページだけを評価するわけではなく、ページごとに評価をしていきます。トップ、下層ページ、それぞれで対策すべきキーワードを決めて対策を行っていきましょう。