サイト構成がダメだと思っています。サイト構成が悪いとSEOは上がりませんか？

具体的なサイト構成がわからないので正確な回答ができませんが、SEOで成果を出すためには、ユーザーの利便性が良い、クローラーがクローリングしやすいサイト作りを意識した構成にしましょう。こういった点が考慮されていないと、Googleにうまく評価されずSEO効果は期待できません。